L'ISO 16140-2 :2016 établit le principe général ainsi que le protocole technique de validation des méthodes alternatives, qui sont pour la plupart commerciales, dans le domaine de la microbiologie de la chaîne alimentaire. Les études de validation conformément à l'ISO 16140-2 :2016 sont destinées à être effectuées par des organismes impliqués dans la validation de méthode.

Elle est applicable à la validation de méthodes pour l'analyse (détection ou quantification) de micro-organismes présents dans:

- les produits destinés à la consommation humaine,

- les produits destinés à l'alimentation animale,

- les échantillons environnementaux dans le domaine de la production et de la manutention de produits alimentaires, et

- les échantillons au stade de la production primaire.

L'ISO 16140-2 :2016 est notamment applicable aux bactéries et aux champignons. Certains paragraphes de l'ISO 16140-2 :2016 peuvent être applicables à d'autres micro-organismes ou à leurs métabolites au cas par cas. À l'avenir, des préconisations concernant d'autres organismes (par exemple, virus et parasites) seront incluses dans l'ISO 16140 (toutes les parties).