Microbiologie de la chaîne alimentaire — Séquençage de génome entier pour le typage et la caractérisation génomique des bactéries — Exigences générales et recommandations

Le présent document spécifie les exigences minimales pour générer et analyser des données de séquençage de génome entier (WGS) de bactéries provenant de la chaîne alimentaire. Ce processus peut comprendre les étapes suivantes:

a) manipulation des cultures bactériennes;

b) isolement de l’ADN génomique axène;

c) préparation de la librairie, séquençage et évaluation de la qualité et du stockage des lectures de séquences brutes d’ADN;

d) analyse bioinformatique visant à déterminer la parenté génétique et le contenu génétique, à prédire le phénotype et à valider le pipeline bioinformatique;

e) capture des métadonnées et dépôt dans des bases de données de séquences;

f) validation du processus de WGS de bout en bout (adapté à l’application prévue).

Le présent document est applicable aux bactéries isolées à partir de ce qui suit:

—    des produits destinés à la consommation humaine;

—    des produits destinés à l’alimentation animale;

—    des échantillons environnementaux prélevés dans des zones de production et de manipulation de produits alimentaires et d’aliments pour animaux;

—    des échantillons de production primaire.